Sùi mào gà và ung thư dương vật đều có thể liên quan đến HPV nhưng thường do các nhóm virus khác nhau. Phần lớn nốt sùi sinh dục do HPV nguy cơ thấp, đặc biệt là type 6 và 11, nên hiếm khi trực tiếp gây ung thư. Ung thư dương vật chủ yếu liên quan đến tình trạng nhiễm HPV nguy cơ cao kéo dài cùng các yếu tố như hút thuốc, viêm mạn tính và vệ sinh sinh dục không tốt.